据《四库全书总目》提要记载：“元世祖至元间，有马某者得其本于平乡郭氏，始刻而传之。”《中医古籍总目》著录现存最早单刻版本为明嘉靖三十年（1551）襄阳吕颙刻本，后世传本多据此刊刻。

吕颙（一作吕容），明陕西宁州人，字幼诚，嘉靖十七年进士，任襄阳知府。

葛仙翁肘后备急方序 (段成己撰）
葛仙翁肘后备急方序、华阳隐居补阙肘后百一方序
鹿鸣山续古序（杨用道撰）、目录

卷一：救卒中恶死方第一、救卒死尸蹶方第二、救卒客忤死方第三、治卒得鬼击方第四、治卒魇寐不寤方第五、治卒中五尸方第六、治尸注鬼注方第七、治卒心痛方第八、治卒腹痛方第九、治心腹俱痛方第十、治卒心腹烦满方第十一

卷二：治卒霍乱诸急方第十二、治伤寒时气温病方第十三、治时气病起诸劳复方第十四、治瘴气疫疠温毒诸方第十五

卷三：治寒热诸疟方第十六、治卒发癫狂病方第十七、治卒得惊邪恍惚方第十八、治中风诸急方第十九、治卒风喑不得语方第二十、治风毒脚弱痹满上气方第二十一、 治服散卒发动困笃方第二十二、治卒上气咳嗽方第二十三、治卒身面肿满方第二十四

卷四：治卒大腹水病方第二十五、治卒心腹症坚方第二十六、治心腹寒冷食饮积聚结癖方第二十七、治胸膈上痰诸方第二十八、治卒患胸痹痛方第二十九、治卒胃反呕方第三十、治卒发黄胆诸黄病第三十一、治卒患腰胁痛诸方第三十二、治虚损羸瘦不堪劳动方第三十三、治脾胃虚弱不能饮食方第三十四、治卒绝粮失食饥惫欲死方第三十五

卷五：治痈疽妒乳诸毒肿方第三十六、治肠痈肺痈方第三十七、治卒发丹火恶毒疮方第三十八、治癣疥漆疮诸恶疮方第三十九、治卒得癞皮毛变黑方第四十、治卒得虫鼠诸方第四十一

卷六：治目赤痛暗昧刺诸病方第四十三、治卒耳聋诸病方第四十七、治耳为百虫杂物所入方第四十八、治卒食噎不下方第四十九、治卒诸杂物鲠不下方第五十、治卒误吞诸物及患方第五十一、治面发秃身臭心鄙丑方第五十二

卷七：治为熊虎爪牙所伤毒痛方第五十三、治卒为犬所咬毒方第五十四、治卒毒及狐溺棘所毒方第五十五、治卒青蛙蝮虺众蛇所螫方第五十六、治蛇疮败蛇骨刺人入口绕身诸方第五十七、治卒入山草禁辟众蛇药术方第五十八、治卒蜈蚣蜘蛛所螫方第五十九、治卒虿螫方第六十、治卒蜂所螫方第六十一、治卒蝎所螫方第六十二、治中蛊毒方第六十三、治卒中溪毒方第六十四、治卒中射工水弩毒方第六十五、治卒中沙虱毒方第六十六、治卒服药过剂烦闷方第六十七、治卒中诸药毒救解方第六十八、治食中诸毒方第六十九、治防避饮食诸毒方第七十、治卒饮酒大醉诸病方第七十一

卷八：治百病备急丸散膏诸要方第七十二、治牛马六畜水谷疫疠诸病方第七十三

其中以青蒿治疗疟疾的经验更为今日青蒿素抗疟发明之远因，屠呦呦教授正是受《肘后备急方》启发，发明青蒿素治疗疟疾的新疗法，于 2015 年荣获诺贝尔生理学医学奖。